在分子进化研究中，系统发生的推断能够揭示出有关生物进化过程的顺序，了解生物进化历史和机制，可以通过某一分类水平上序列间碱基的差异构建进化树。

通过选择OTU代表序列或某一水平上分类信息对应的序列，使用Muscle软件进行全局序列比对，接着使用FastTree软件根据最大似然法构建进化树。

输入：

fasta格式的OTU代表序列文件，与OTU Table中的每一个OTU所对应。

输出：

newick-formatted树文件；newick是树状标准格式文件，可被多种建树软件识别，例如：PHYLIP、TREEVIEW、ARB。

示例：

newick 格式：

(((SEQ1:0.02120,(SEQ2:0.09111,SEQ3:0.04491)node1:0.00097)node2:0.00194,(SEQ4:0.03160,SEQ5:0.04378)node3:0.00365)node4:0.00188,SEQ6:0.00881)node5:0.00739；

其中括号内聚到一起相似的树枝，冒号后为距离。

分析模块引用了Muscle（v3.8.31）和FastTree（v2.1.8）。

相关文献如下所示：

Laurent Philippot, et al. Loss in microbial diversity affects nitrogen cycling in soil. The ISME Journal (2013) 7, 1609–1619; doi:10.1038/ismej.2013.34.

Edgar, R.C. (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput Nucleic Acids Res. 32(5):1792-1797 .

Edgar, R.C. (2004) MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity BMC Bioinformatics, (5) 113.

Price MN, Dehal PS, Arkin AP (2010) FastTree 2 – Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments. PLoS ONE 5(3): e9490. doi:10.1371.journal.pone.0009490.