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分析模块，输入OTU代表序列，与数据库比对，进行分类学分析，得到OTU分类学结果文件。 分析模块封装了RDP Classifier软件，RDP Classifier采用贝叶斯算法进行分类学分析，支持数据库如下所示： Gene:16srrna Trainset No:15 Taxonomy Version:RDP 16S rRNA training set 15 Gene:fungalits_unite Trainset No:13 Taxonomy Version:UNITE Fungal ITS trains et 07/04/2014 受限于电脑性能，如需支持更多，更大的数据库，建议使用B/S（服务器/浏览器）架构的分析系统，网页端操作。 了解更多，联系：support@vgenomics.cn 输入： OTU代表序列文件： >OTU1 GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCG …… >OTU2 GTAGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCG …… >OTU3 GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCAATGCCG …… …… 输出： 1、Qiime格式的分类学注释结果文件： OTU1 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Alphaproteobacteria; o__Rhizobiales; f__Bradyrhizobiaceae; g__Bradyrhizobium OTU2 d__Bacteria; p__Firmicutes; c__Bacilli; o__Lactobacillales; f__Streptococcaceae; g__Lactococcus OTU3 d__Bacteria; p__Proteobacteria; c__Alphaproteobacteria; o__Sphingomonadales; f__Sphingomonadaceae; g__Sphingomonas 2、RDP格式的分类学注释结果文件： OTU1 Root rootrank 1.0 Bacteria domain 1.0 "Proteobacteria" phylum 1.0 Alphaproteobacteria class 1.0 Rhizobiales order 1.0 Bradyrhizobiaceae family 1.0 Bradyrhizobium genus 0.97 OTU2 Root rootrank 1.0 Bacteria domain 1.0 Firmicutes phylum 1.0 Bacilli class 1.0 Lactobacillales order 1.0 Streptococcaceae family 1.0 Lactococcus genus 1.0 OTU3 Root rootrank 1.0 Bacteria domain 1.0 "Proteobacteria" phylum 1.0 Alphaproteobacteria class 1.0 Sphingomonadales order 1.0 Sphingomonadaceae family 分析模块引用了RDP Classifier v2.11软件（https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/）。 相关文献如下所示： Wang Q, Garrity GM, Tiedje JM, Cole JR. 2007. Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.Appl Environ Microb 73(16): 5261-5267. |