分析模块,输入FASTA格式序列文件,输出统计信息。 输入: FASTA格式的序列数据文件。 示例: >OTU1 GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCG …… >OTU2 GTAGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCCG …… >OTU3 GTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCAATGCCG …… …… 输出: 统计信息文件。 示例: GC_content 54.9 len_N50 449 len_max 451 len_mean 439 len_median 449 len_min 425 num_A 12097 num_C 9885 num_G 15955 num_N 0 num_T 9093 num_bp 47030 num_bp_not_N 47030 num_seq 107 包含的信息: Lengths: n50, min, max, median and average Number of base pairs: A, C, G, T, N, Total and Total_not_N Number of sequences GC content in % 关于FASTA格式文件,请参考维基百科:(https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format)。 |